上一部结尾，我们说到，剑心为了救小薰跳进海里，失去知觉被漂到的岸上，被一个神秘男人捡走，剑心从噩梦中醒来，跑出屋外，看到那个神秘男子，忽然剑心对着他叫了一声师父，原来此人便是剑心的恩师比古清十郎。剑心小时候名字叫心太，在人贩子追杀的过程中被师傅救下，事后剑心没有离开，反而为现场死去的每一个人都挖了坟墓，安心埋葬。师傅看到，他虽然出身凄惨，却能对每一个生命一视同仁，打动了师傅，便收他为徒，为其改名叫剑心，传授其飞天御剑流。学成后剑心便告别师傅，独自闯荡，一别就是十五年。

前几天，师傅去捡漂流上岸的木头，却没想到捡到了搁浅的剑心，师傅说，他已经昏迷了三天三夜，没有人能在海上漂流三天，还能活下来。剑心想到生死未卜的小薰，瞬间情绪失控，泪流满面。他愤恨至极，求师傅教自己飞天御剑流的奥义，哪怕付出生命代价也在所不惜，因为他必须要去打败一个敌人，志志雄真实。

师父见他如此迫切，就答应剑心。剑心开始苦苦修炼，但无论怎么努力，似乎总是欠缺了点什么，在和师傅过招时，始终居于下风，甚至被一脚踹飞，最后，师傅只用一个木棍就把他打趴在地。

此时，志志雄团伙开始启动夺取国家的计划，他们发动装满大炮的黑船，开进了东京湾，炮轰沿岸的村镇，给维新政府一个下马威。志志雄团伙得知剑心被冲上了岸，并没有死。于是，特地设了一场鸿门宴，新任内务大臣伊藤博文带着一众官员前来赴宴。

在宴席上，志志雄质问当初为何出卖同为维新派的自己。伊藤回答说不利于维新政府的一切都得掩藏于黑暗。双方谈不拢，伊藤就想离去，志志雄愤怒难忍，双方团伙打了起来，志志雄威胁伊藤，让其发布对剑心的全国通缉令，并公开他帮维新政府干过的那些龌龊事儿，很快，剑心的通缉告示，就在全国发布。

看到通缉令的众人，气愤维新政府忘恩负义的同时，也得知剑心还活着。这时，一位陌生女子突然来到神谷道场，询问这块印有小操名字的手帕，是不是他们道场的。小操认出京都大火当晚，就是自己把这块手帕绑在了薰受伤的手上，他们循着线索找到医院，原来小薰是被路过的渔船救起来的。另一边，御庭番众开始利用他们的情报网来寻找剑心。

斋藤一看到通缉令，也跑去质问上司，剑心对维新政府有功，现在却一边让他去暗杀志志雄，一边又要逮捕他，简直禽兽不如。上司却说，这只是权宜之计，目的是为了拖延时间，想出对付志志雄的办法。

另一边，剑心和师傅还在对练，但是剑心始终无法还击。师傅对他说剑是凶器，剑术是杀人术，无论用多么美好的词汇来掩饰，终究都是丑恶的现实，既不想杀人，又想拯救世界，用手中这可笑的逆刃刀同时保护两边，太过天真。

晚上，师徒两人谈心，剑心说起这十五年的遭遇，杀人无数，现在已经立下不杀之誓，可现在有个不得不打败的敌人，他即使豁出性命，也要打败他。师傅立刻反驳他说，这种思想是错误的，跟飞天御剑流的终极奥义完全相反，只有领悟生命的珍贵，才能习得最终奥义。不然你永远也学不会。

原来，飞天御剑流的最终奥义的学习，一直都是单对单的传授，由师傅和徒弟以死相博，师傅封住徒弟所有退路，置之死地，激发徒弟对生的渴望，由此来领悟出最终奥义，破解师傅的剑招。学成，师傅死，学不成，徒弟死。这就是残酷无比又威力无穷的剑术至高奥义-天翔龙闪。

第二天，师傅换上自己的佩刀，给了剑心另外一把，两人在竹林中开始比试，师傅出手利落，势如破竹，所有招式犹如生死相搏，毫不留情。才过几招，剑心就被师傅的杀心震撼到，拿剑的手都在颤抖。师傅不给他喘息的机会，继续奋力搏杀，甚至险些一刀要了剑心的命。剑心内心深处此刻只想着如何在师傅的剑下活命，迸发出强烈的求生意志，突然挥出一剑，割破了师傅的袖口，第一次成功反击了师傅，师傅很欣慰，因为剑心杀过太多人，自知罪孽深重，所以每次战斗都抱着大不了一死的心态，但忘了自己的生命也是命。明白了这一点，剑心终于领悟了飞天御剑流的终极奥义。

而维新政府这边，利用谈判的间隙，开始在海岸线布防。学成之后，剑心准备下山，这时候，御庭番也查到了剑心的下落，闻讯而来的小操找到了剑心，因为使用的是逆刃刀，剑心的师傅也没有因为传授奥义而死。在郑重告别师傅之后，剑心跟随小操一起回到了御庭番总部。

剑心得知小薰没死倍感安心，想到此时的自己正被维新政府通缉，他想先和老翁道别后再前往东京。到他房间一看，发现老翁不见了。原来老翁料到仓紫一定会继续寻找剑心，在去东京的必经之路上找到了他。他想拼了这条老命去阻止仓紫的心中执念。

此刻，剑心和小操也快速赶到，仓紫见到剑心，就要跟他决斗，夺得天下第一的名号。抽出双刀便开始进攻，但此时的剑心，身法和剑术已大有精进，可仓紫并非大恶之人，只是心中执念太重，所以剑心并未使用全力，只是靠身法和技巧来躲避仓紫的进攻。但是仓紫却进攻犀利，心无杂念，只想打败剑心。小操过来劝阻，被他一脚踢开。此时他已经被愤怒冲昏了头脑。

剑心见此，不再躲避，开始认真和他交手。此刻剑心的身法剑术远超仓紫，不多时瞅准一个破绽，连绵斩击把仓紫打成重伤。垂死的老翁让剑心尽快赶往东京，阻止这场浩劫。剑心向这位老人深鞠一躬，离开前给仓紫留下一句忠告，如果你还被过去束缚，不懂得珍惜眼前的重要之物，那你手里那把缺失重要意义的刀就永远都赢不了我。

仓紫被御庭番的人救了回去，等他醒来，看见自己满身的绷带，和旁白伤心的小操，恍然大悟，明白自己这种争夺天下第一的虚名的行为，和剑心老翁这种国家大义比起来，简直无地自容。

剑心路过神谷道场，顺路进去看一看，高荷惠拿出剑心的衣物，并告诉他，只要他没死，多重的伤她都能医好。剑心刚准备道别离开，警察们就找上门来抓剑心，剑心准备拔刀突围的时候，意识到他们也是有任务在身，就束手就擒。

剑心被带到内务省，见到伊藤博文，伊藤告诉他，你以前为了维新政府，立下了汗马功劳，但是现在如果和志志雄开打，首都东京会遭到巨大破坏，只能委屈剑心，将他斩首，来换取反击的时间。剑心说现在还有一线机会，只要自己能接近志志雄，就有信心打败志志雄。伊藤博文看了他一眼，同意了剑心的计划。

刽子手拔刀斋就被公开斩首了，消息在全国传播开来，在海边刑场，剑心被五花大绑，伤愈的小薰和左之助一行人赶到现场，作为志志雄一方的见证人，十本刀之一佐渡岛方治，大声念出被剑心杀死过的人的名单，围观的群众群情激奋，高喊处决这个十恶不赦的刽子手。很快便到了行刑的时间，刽子手手起刀落，小薰吓得大叫，突然剑心背上的绳子断了，方治一脸懵逼，摘下斗笠，原来处刑人是斋藤一假扮的，这一切都是他们最后的计谋，周围的警察和埋伏的武士纷纷举起武器，双方混战在一起，剑心和左之助则登上了事先备好的快船，准备直捣黄龙。

志志雄的十本刀精锐大部分在沙滩上，留在铁甲船上的都是些平庸的手下，解决了甲板上的小喽啰之后，进入船舱，左之助和一个大和尚陷入苦战，剑心则又和他的老对手宗次郎斩对决，经过训练，剑心的速度比之前更快更猛，虽然宗次郎的速度还是跟他不相上下，但是剑心已经发现宗次郎靠的是脚下的步法，专攻他的下盘，在一次贴身纠缠中，剑心击中了他的小腿，宗次郎的速度瞬间下降了很多。再一次的拔刀术对决，挥刀之后，宗次郎断刀倒地。剑心劝解这个苦命的少年，让他不要去相信志志雄弱肉强食的歪理。真理要靠自己不断修行去领悟。

另一边，左之助和和尚激斗正酣，各种街头无赖招数频出，最后，左之助一招猴子偷桃了结了大和尚。这时船体突然受到巨大冲击，原来是伊藤博文下令让人炮轰铁甲船，不用管剑心等人的死活，趁机把他们一网打尽，永绝后患。

剑心继续向前，终于和志志雄见面，这是宿命的对决。听着外面不断轰鸣的炮击声，志志雄手持无限刃，一步步走下阶梯，他跟剑心说，这就是政府的做事手段，有用的时候是他们的杀人工具，没用的时候就如同猪狗被随意丢弃。剑心知道志志雄已经黑化，多说无益，直接开打。志志雄无限刃的刀刃上，锯齿细密，刀身沾满所杀之人的油脂，所以破空时会摩擦走火，相当于双重攻击，威力巨大。

两人贴身肉搏时，志志雄还咬下了剑心肩膀上的一块肉。凶猛的力量几乎将剑心按在地上摩擦。这时，斋藤一不顾沉船危险，来支援剑心，虽然自己也是剑术高手，但独门绝技牙突在志志雄面前，同样被志志雄所破，毫无办法。收拾完和尚的左之助也出来帮忙，但是无论他的拳怎么攻击，对志志雄来说都是不痛不痒，甚至反被拳拳重击打到血肉模糊。

这时候，幡然醒悟的仓紫也加入战团，他以剑心只能被他杀死为由加入了战斗现场，四大高手围攻下，志志雄还能反压一头，小小船舱内，刀光剑影，火光漫天。突然志志雄吐了一大口鲜血，原来志志雄有个致命的弱点，当年那场大火让他体表调节温度的汗腺全部坏死，经过拼尽全力的战斗，他的体内温度极高，忍受着高温的炙烤。知道此事的小美，过来跪在剑心面前，乞求剑心可不可以放过志志雄，没想到志志雄趁着剑心分神，一刀刺穿了小美的心脏，连带戳中了剑心，二人间血流不止，剑心愤怒的咒骂志志雄，连自己心爱的女人也要杀害，而小美在志志雄怀中死去，最后的话语是终于能在战斗中帮到志志雄。

看着周围倒下的伙伴，两人迎来最终决战，奈何此时二人都已是强弩之末，剑心身体已到极限，而志志雄则一直受着高温折磨。几次对拼倒地，都是靠着强大的意志力站起来，剑心头脑中闪过同伴的身影，收刀入鞘，做出拔刀术的姿势，志志雄也清楚，这是两人最后的对拼了。志志雄抢先发难，剑心左脚向前，自下而上挥出飞天御剑流的奥义，天翔龙闪，志志雄被砍飞，无限刃也被砍断，他输了。虽然还能站起来，体内不断升高的温度已经到达临界点，最终，在狂笑中自燃而亡。

黑船爆炸沉没，剑心和众人回到岸上，这时候伊藤博文领着一帮手下过来，虚伪又尴尬地表示，既然志志雄已经死了，那么国家也算平安了，而且同时也宣布，拔刀斋也已经死了。现在他的名字是绯村剑心。这是一个时代的总结，以武犯禁将成为过去。从此在江湖上没有了拔刀斋，而多了一个浪客。回到道场的剑心不再佩剑，自己的黑暗过往也将永远埋藏，现在就想和神谷薰过着平凡而普通的生活。

以上就是整篇故事，志志雄被打败了，但是他却不是最大的恶人。打败了志志雄，伊藤博文衣冠楚楚的站在军队前面，宣称要赦免剑心的罪，并对着远方的沉船敬礼表示对维新义士的英灵致敬。当他背后的军队跟他一起庄严的敬礼时，剑心一行人只有哑然。剑心虽然满脸是血伤痕累累也有阿熏搀扶，苍紫有阿操，左之助也有小小弥彦搀扶，而齐藤一则无言的站在全是他属下尸首的沙滩上尴尬的看着伊藤博文众人。终究，大家都是政治的牺牲品，正像志志雄所说的，我并没有错，只是时代选择了你。但他们手上都沾满了血，他们知道自己最终会走到地狱。所以，这些被时代抛弃了的人，最终，会在地狱相见。